イチョウの実（正式には種子）である銀杏はギンコール酸などを含み、漆などのようにかぶれなどの皮膚炎を引き起こすので注意が必要である。また、食用とする種の中身にはビタミンB6の類縁体4-O-メチルピリドキシン(4-O-methylpyridoxine、MPN)が含まれているが、これはビタミンB6に拮抗してビタミンＢ6欠乏となりGABAの生合成を阻害し、まれに痙攣などを引き起こす。大人の場合かなりの数を摂取しなければ問題は無いが、1日5～6粒程度でも中毒になることがある。特に報告数の70％程度が小児(5歳未満)であり、5歳未満の場合は注意が必要である。太平洋戦争前後に中毒報告が多く、大量に摂取したために死に至った例もある、これは食糧難から来るビタミンB6欠乏状態と関係性があると思われる。
その一方で喘息等の症状に対する鎮咳去痰作用など薬草としての効力もあり、後述の難破船に遺された銀杏も薬の原料として送られたものであると言われている。[要出典]